随著中日关系持续恶化，大陆航空公司停飞的日本航线进一步扩大。据湖北《楚天都市报》报导，3月共有53条中日航线取消全部航班，比2月取消数量进一步增加，目前武汉天河机场已经没有直飞日本的航班。
据统计，2025年11月3日至11月9日当周，中日共有95条航线，往返于中国34个城市及日本18个城市，当周中日往返航班总量为1,189班次 。但去年11月7日，日本首相高市早苗发表涉台相关谈话后，中国大陆多次发布通报，提醒中国公民避免前往日本，中日航班数随即逐步减少。
报导称，4月19日，飞航资讯系统「飞常准」APP显示，未来两周，中国仅剩北京、上海、哈尔滨、天津、广州、福州、青岛、厦门、济南、杭州、海口、重庆、南京等部分城市仍有直飞日本的航班。其中，从上海出发可直飞日本东京、大阪、冲绳、札幌等多个城市，且价格相对较低。
例如，上海直飞大阪最低价格为人民币797元（约合新台币3,666元），直飞东京最低价格人民币910元。4月20日，北京直飞日本大阪的航班仅剩3班；北京直飞日本东京的航班相对较多，有16班。
该APP显示，当日从武汉出发、前往日本东京的航班有多个，但都需要转机，总时长最短约8小时、最长则需要25小时左右。武汉一家办理航空客运销售代理业务的公司表示，从今年2月中下旬开始，武汉直飞日本的航班就已经被全部取消，经其他城市转机去日本的航班数量也在缩减。如果旅客需要前往日本，建议从上海、北京等地转机。
中国某航空公司人员表示，「从去年开始，国内前往日本各个城市的客流量就在减少，受此影响，国内城市飞往日本的航班、航线也相应缩减。」
中国南方航空、中国国际航空和中国东方航空今年1月26日同步公告，对航班起飞日期在2026年3月29日（含）至2026年10月24日（含）的日本进出港或经停航班，实施免费退改签。此前，免费退改签政策执行到3月28日。
上周五（17日）中国驻日本大使馆再次发布「重要通知」，指称近年来日本社会治安环境持续恶化，郑重提醒在日中国公民切实提高安全防范意识。
中国驻日本大使馆表示，近日，日本自卫队现役人员持刀翻墙闯入中国驻日本大使馆，右翼分子公然滋扰观看马拉松比赛的中国公民，中国留学生在东京街头遭「撞人族」冲撞，香港游客在北海道某餐厅遭殴打。有关案件反映出日本国内右翼势力活动日益猖獗，针对中国公民的歧视性案件显著增加，在日中国公民安全风险不断上升。
中国驻日本大使馆呼吁在日中国公民加强自我保护，尽量结伴外出，避免前往治安较差、人流集中的区域。如遇右翼分子、「撞人族」等滋扰挑衅，优先保证自身安全，保持冷静、避免纠缠，注意保存证据，及时报警并连系中国驻日使领馆寻求协助。