许多在陆中小型台商对于仲裁、法律意识仍不足，在害怕长期争讼下而蒙受权益损失，如何运用好仲裁工具，甚至在合约签订前期就有法律风险意识，或是当前要务。
台商在大陆遇到商贸纠纷，中华仲裁协会会长吴永干在陆仲裁机构交流过程得知，台商一开始不想诉讼，「不知仲裁找台办，找了台办小事化了，大案大事也办不了」。
虽然台办设立目的是服务台商，但毕竟是大陆行政机关，也会有主场优势，小案件能公平处理，标的大一点的话，要台办支持有难度。
北京静理律师事务所执行主任沈杰表示，台商的纠纷评估要耗三、四年诉讼的话，他会建议找仲裁中心，约定仲裁员，处理会快一些。
如果害怕主场优势的话，可以审慎地挑选仲裁机构，比如专门做两岸仲裁的，可能较会为台商公平处理，如设在厦门的海峡两岸仲裁中心，或是国际上知名的中国国际经济贸易仲裁委员会。
增进台商仲裁知识，两岸仲裁交流扮演重要角色。吴永干认为当前台湾仲裁机构面临挑战有三：一是台商普遍缺乏仲裁知识，以致签订投资或商业合约时，未能预先纳入仲裁条款；一旦发生争议，不懂得和他方协议提付仲裁，更不知具有涉台（涉外）因素争议，能提付中华仲裁协会处理。
二是大陆的仲裁法排斥境外仲裁机构受理纯粹国内商事争议案件，仅仅允许境外仲裁机构在指定地区设立业务据点，以承办涉外案件。
且按陆最高人民法院实务见解，台企于陆设立之公司法人，与其他陆企间商事争议，如无明显涉外元素，原则仍属国内案件，仅得由大陆仲裁机构受理。
所以中华仲裁协会目前尚无赴大陆城市设立业务机构的规划。
三是政策支持力道不足，由于两岸关系紧张，以致双方主事者均未能落实推动「两岸投保协议」有关商务纠纷可以提付两岸仲裁机构协助解决的规定。