共同社引述多名外交消息人士透露，日本政府6日上午接获中国通报将发射潜射弹道飞弹后，曾要求中方避免飞弹飞越日本上空，但中方并未答复。虽然飞弹似乎没有经过日本上空，但日方为了防备中方多次发射飞弹，不得不持续进行警戒监视。
报导指出，自日本首相高市早苗2025年11月提出「台湾有事」说后，日中政府间对话基本断绝，中方这次发射弹道飞弹再度凸显了双方沟通不足的现实。相关人士指出，两国为避免意外事态而设置的防务部门直通电话热线，在中方这次飞弹发射中并未被使用。
根据报导，日方根据中方有关太空垃圾坠落的区域划设及上述事前通报等资讯，曾预设了飞弹发射后的2条轨迹。一条是从渤海发射，飞越日本的领土、领海与专属经济区（EEZ）上空；另一条是从海南岛东侧的南海发射，飞越菲律宾周边。
报导提到，针对飞弹可能通过日本上空的轨迹，日方向中方传达了强烈关切。而从结果来看，中方的飞弹似乎是从海南岛东侧发射。但因中方没有给予答复，日方为了防备中方继绩发射飞弹而维持警戒监视态势，直到中方通报相关活动结束为止。
这项报导提到，一旦中国飞弹飞越日本上空，日本政府有可能使用「全国即时警报系统」（J-ALERT）发布资讯。官房长官木原稔13日在记者会上仅就J-ALERT的运用方式表示：「将综合判断有无通报及其内容等各种情况，采取适当的做法。」
根据报导，在飞弹发射前1天，中国有关部门5日曾发布通告，指针对其「太空垃圾坠落」划设4个区域，其中日本和歌山县串本町潮岬以南的日本EEZ也涵盖在内。但中方直到6日才向日本驻中国大使馆说明将发射潜射弹道飞弹。