行政院长卓荣泰31日在行政院会听取「0728豪雨、丹娜丝台风灾害应变作为及云嘉南灾后复原前进指挥所工作办理情形」报告后表示，丹娜丝台风对云嘉南地区造成严重灾损，近日又因西南气流带来豪雨，导致灾区面临更严峻挑战。考量灾情复合性及特殊性，因此设立「云嘉南灾后复原前进指挥所」，由行政院政委陈金德担任指挥官，立即成立6大工作分组，协调各部会投入，加速灾后复原，请各部会务必全力配合。
卓荣泰强调，执行灾后复原重建，首重资源及时投入，除第一时间公布的「丹娜丝台风救助方案」外，行政院亦核定「家园复原慰助金」协助民宅修缮、「上工津贴补助金」加速施工人力投入，并提供「店家及摊商慰助金」扩大协助受影响的店家与摊贩。对于豪雨导致淹水的地区，则比照113年凯米台风时所提供的「淹水救助金」，协助灾区家园复原重建。
卓荣泰指出，这段时间，行政院也同步研议立法上的必要。经盘点此次风灾受损房屋已达3万余户，有必要透过特别条例给予更长期、更稳定的支持。因此，近期行政院将提出「丹娜丝台风灾后复原特别条例」，送交立法院审议，为灾后复原各项措施提供更强大后盾，加强及加速重建工作执行。
卓荣泰指出，因应气候变迁带来极端降雨，治水防洪工程有必要长期持续投入、提高防灾韧性。本计划由中央各部会统筹合作、整体规划，采用精准、智慧的系统性治水方法，协助地方政府改善县市管河川及排水系统的整体改善。
卓荣泰强调，他于近期屡次勘灾，对于灾民所遭遇的财产损失和生活不便都感同身受，政府治水防洪工程应加速推进，请经济部尽速修正计划、报院核定，2026年预算的编列不变，后续要加速执行，执行期程由六年改为四年，必须在2029年完成，总经费维持为1,000亿元。卓也请地方政府共同合作，全力达成「最小淹水面积、最快退水时间、最高安全标准」的新治水目标。