赖清德总统原本受非洲唯一邦交国史瓦帝尼邀请，出席4月庆祝恩史瓦帝三世（King Mswati III）国王在位40周年的活动，但因非洲三国疑似在北京施压下取消专机飞越领空许可，一度导致行程被迫取消，但行程后来仍出现转机。赖总统5月初搭乘秘密航班穿越印度洋抵达史瓦帝尼。2名陪同出访的不具名台湾官员向纽约时报揭露这趟秘密往返非洲的旅程内幕，并出示文件佐证。
根据纽时从台北发出的报导，赖清德原本计划4月22日前往史瓦帝尼，参加庆典并商讨强化双边关系。过去历任台湾总统访问史瓦帝尼时，取得其他国家飞越领空许可通常属例行程序。国际空域涉及各国管辖权，各国虽有权批准或拒绝飞越申请，但实际上极少出现拒绝情况。
不过，报导指出，北京多年来利用经济影响力，试图迫使各国政府、企业与组织将台湾视为中国领土。台湾官员则表示，这是北京首次试图限制台湾领导人使用国际航线。
根据台湾官员说法，台湾原本已取得16国的飞越许可，并向纽约时报展示相关文件。但就在赖清德准备出发前，消息陆续传来，指出塞席尔、模里西斯与马达加斯加这3个共同掌控大片印度洋空域的国家，暗示应重新考虑行程，并于4月17日正式通知撤销飞越许可。在无法说服3国改变决定后，总统府宣布取消行程，对外称是「延期」。但当时看来，赖清德已几乎没有方法能成行。
模里西斯与马达加斯加未回应询问。塞席尔则引用先前声明，称此举符合「一中政策」与「不承认台湾为国家」的立场。台湾官员则认为，这场政策急转弯与北京施压有关，也令赖总统相当尴尬。赖清德去年原本计划访问拉丁美洲，也因川普政府拒绝让他过境纽约而被迫取消。
不过，赖清德团队其实已有备案，但时间不多，必须找到一架飞机与一条航线，既能避开塞席尔、模里西斯与马达加斯加上空，又能安全返台。于是台方与史瓦帝尼政府接洽，借用国王专机。
这架史瓦帝尼王室专机为空中巴士A340，原本属于台湾航空公司，配备4具引擎，因此若有需要，可在远离任何机场的情况下长距离飞越印度洋，以避开受限空域。相较之下，台湾过去总统出访时租用的双引擎客机，通常无法进行这类飞行。
史瓦帝尼副总理德拉德拉（Thulisile Dladla）先搭乘这架王室专机访问台湾，当时被形容为旨在强化双边关系。5月2日凌晨，这架王室专机飞返史瓦帝尼，赖清德也在机上，同行人员约20多人。官员表示，这趟行程对台湾多数人而言都是秘密，包括政府内部许多人事前也不知情。
为了这趟长达2万5400公里的非洲行程，赖清德幕僚与技术人员事前进行相关准备。为减轻重量并节省燃料，以避开受限空域，乘客只允许携带随身行李，且航线几乎远离任何机场，接近飞安规定所允许的极限。安全顾问则每两小时利用卫星电话向台北回报一次。据台湾官员说法，飞机穿越马达加斯加与模里西斯领空时，两国似乎都未察觉机上载有赖清德。
台湾官员安排赖清德在早晨抵达史瓦帝尼，以便直接投入外交活动。恩史瓦帝三世也特别安排重演赖清德先前错过的庆祝活动。不过幕僚随即面临另一项挑战：在北京已得知赖清德抵达当地后，如何安排专机安全返台。
赖清德返台航程更长。为避免再生变数，载著他的史瓦帝尼王室专机绕过塞席尔、模里西斯与马达加斯加空域，沿印度洋东南方向飞行。报导指出，若飞机满载，这段航程可能使燃油余量接近安全边际。但当时油量绰绰有余。依照总统专机维安程序，4架台湾空军军机在专机接近台湾时升空护航。整段返程未出现其他状况，赖清德最后安全降落桃园国际机场。
